请问：DNA限制性图谱的绘制用什么算法好啊？

yushionly · 发表于 2004-8-22 18:45:38

<

>请问：DNA限制性图谱的绘制用什么算法好啊？
<

>请指教。

yushionly · 发表于 2004-8-22 20:50:04

最近研究人员提出了一种新的方法，称为简化的部分消化方法（SPDP）。这个方法与PDP的不同就在于它避免了在任意两个位点切开DNA分子的难题和处理重复数据的困难。仍假设与使用的酶对应的限制性位点有n个。首先DNA分子被复制成n+1份，前n个复制品中的每一个在一个限制性位点处被切开，最后一个复制品在所有的限制性位点处被切开。这样我们分别得到2n个片段长度（称为第一组数据）和n+1个片段长度（称为第二组数据）。在没有误差的前提下，第一组数据中2n个长度可以分成n对，每对的和都等于DNA分子的总长度；第二组数据中n+1个长度的和也等于DNA分子的总长度。 SPDP问题是如何利用这两组数据重构出这n+1个片段在DNA分子上的排列，使得这个排列在n个位点切开后得到的2n个片段长度与实验得到的2n个长度相等。下图给出了一个例子。

yushionly · 发表于 2004-8-22 20:50:41

<

0cm 0cm 0pt"> (a)<

0cm 0cm 0pt; TEXT-INDENT: 48pt; mso-char-indent-count: 4.0; mso-char-indent-size: 12.0pt">2 6 1 4 3<

0cm 0cm 0pt"><v:line></v:line><v:line></v:line><v:line></v:line><v:line></v:line><v:line></v:line><v:line></v:line><v:line></v:line> (b)<v:line></v:line> 2 14<v:line></v:line><v:line></v:line><v:line></v:line> 8 8<v:line></v:line><v:line></v:line><v:line></v:line><v:line></v:line> 9 7<v:line></v:line><v:line></v:line><v:line></v:line><v:line></v:line> 13 3<v:line></v:line><v:line></v:line><v:line></v:line><v:line></v:line> 2 1 4 3 6<v:line></v:line><v:line></v:line><v:line></v:line><v:line></v:line><v:line></v:line><v:line></v:line><v:line></v:line><v:line></v:line><v:line></v:line><v:line></v:line> <v:line></v:line><v:line></v:line><v:line></v:line><v:line></v:line><v:line></v:line> 图2. 这个例子对应的位点有4个。(a) 就是我们希望重构的顺序。 (b)中的前4对为第一组数据，它通过切开一个位点得到，每对长度的和都是16，剩下的为第二组数据，含5个片段长度，它通过切开所有位点得到，它们的长度总和也是16， 但实验结果只告知每段的长度，不知道它们在DNA分子上的排列顺序。 现对上述SPDP问题，建立数学模型，并研究以下问题：设计求解该问题的算法， 并评估该算法的效率和效果。对下述2个实例给出答案：实例1： 第一组数据：2，14，8，8，9，7，13，3 第二组数据：2，1，4，3，6实例2: 第一组数据：1，14，12，3，7，8，9，6，11，4，12，3，13，2，5，10第二组数据：1，1，2，1，2，2，1，2，3 讨论在实验中测量片段长度时的误差，将在多大程度上影响算法的效果，当误差到多大程度时，限制性图谱的重构将无法进行。

yushionly · 发表于 2004-8-23 00:38:15

大家帮帮忙啊！

yushionly · 发表于 2004-8-23 21:17:00

我的邮箱是yushi207@126.com

糖醋鼻子 · 发表于 2004-9-12 03:24:52

<

>121122312<

>121321212<

>...............................

		自动登录	找回密码
密码			注-册-帐-号